第一党支部:秘书处、政策规划处

第二党支部:社会发展与基础研究处(生物与生命科技处)、高新技术产业化处(材料与能源科技处)

第三党支部:综合计划处、科技应用促进处(先进制造科技处)、深圳市技术转移促进中心

第四党支部:创新支撑处(电子科技处)、创新服务处(信息科技处)

第五党支部:高新区发展处、示范区管理处

第六党支部:深圳集成电路设计产业化基地管理中心、深圳软件园管理中心(生物孵化器管理中心)

第七党支部:高新区服务中心(科技金融服务中心)

第八党支部:虚拟大学园管理服务中心

第九党总支:国家超级计算深圳中心(深圳云计算中心)

第十党支部:老干部支部

第十一党支部:深圳高新区信息网公司

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